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消毒用エタノール、イソプロパノール、次亜塩素酸ナトリウムが推奨されている。 石鹸による手洗い、マスクの装着、人の触る所の消毒などが予防となる。洗っていない手で、目や鼻や口などの粘膜に触らないようにする必要がある。また、ウイルスの付着しやすいマスクの表面には触らないよう注意する必要がある。 また、病人との接触は控えた方が良い。MERSでは無いが、シンガポールでの SARSの例では、病院における医療従事者・家族・見舞い客への感染が多かった。 治療法は確立していない。動物実験において、リバビリンとインターフェロンα2bの組み合わせが肺炎の発症を抑制するという報告がある。しかし、既に急性呼吸窮迫症候群となっていたエジプトで 5人の重症患者では、これらの組み合わせの投与での治療に失敗している。また、HIV薬のロピナビルや回復期患者の血漿に効果がある可能性がある。 セリンプロテアーゼ阻害剤の「カモスタット(英語版)」が、培養細胞レベルで、コロナウイルスの活性化に使われる TMPRSS2(英語版)を阻害し、MERSコロナウイルスの細胞内への侵入を防ぐことが見つかっている。
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